Windows7標準IMEやIME2007は、正直FF11をやるには相性が悪い。
結論から言うと、XP+IME2002(2003)が現時点で一番使いやすい気がします。
さすがに7+IME2007の文字抜け問題は、タイピングそのものが苦痛に感じ、
正直無理だと感じたので再度ATOK2009を入れてみる事にしました。
ATOK2009でもFF11と相性良いってわけではなく、いくつか不具合があり、そのまま使うと違和感があります。いくつかは手動で設定する事で回避可能なので、どうしてもWindows7でFFやりたい人向けの荒業だと思います。
基本項目は以下を
パクり参考にさせてもらいました。
http://hedhu.seesaa.net/article/103870801.html
▼ATOK 2009設定・[ATOKプロパティ]よりFF11用専用プロパティを作成[プロパティ]→[プロパティ登録編集]→[現在の設定を登録]
"FF11"と入力して[OK]
・FF11でチャットウィンドウに入力した際変換ウィンドウが表示される件の回避策[プロパティ]→[入力・変換]→[候補ウィンドウ]

候補ウィンドウ表示までに必要な回数を 0 で設定。
※以下はFF11には関係ないみたいですが、個人的に不要なので非表示にします。
[プロパティ]→[入力・変換]→[表示・ATOKナビ]

カーソル位置に入力モードを表示
●しない
同音語用例・電子辞典ウィンドウを表示
●しない
□解説ウィンドウを表示する(W)
・突然英数字入力モードにに変わり日本語入力できなくなる件の回避策[プロパティ]→[入力・変換]→[英語]
※2009の場合ここにありました。

□Shiftキー+ A〜Zで英字入力に切り替える(A)
□入力文が長くなったら自動的に確定する(L)
・「www」と入力すると「っっw」となる件の回避策http://support.justsystems.com/faq/1032/app/servlet/qadoc?QID=041332[プロパティ]→[キー・ローマ字・色]→[追加]
※ベースは
ATOK2009:↓次候補←→文節移動 がよさそうです。お好みで。

ローマ字:www
かな :www
[OK]→スタイル名を設定して保存
・TabによるATOKの省入力変換を無効化するFF11自身のTabキーによる補完と被る為、ATOK側を無効化しておきます。
[プロパティ]→[キー・ローマ字・色]→[キーカスタマイズ]

省入力変換:Tabを削除する
・突然カナ入力モードに変わる件の回避策[プロパティ]→[入力・変換]→[入力補助]

■キー操作でのカナロックON/OFFを無効とする
□カナ入力時に自動的にカナロックを行う